构建平台。利用遥感、***信息和定位技术、模型模拟技术和空间可视化技术等，统一构建土壤三普工作平台，构建任务分发、质量控制、进度把控等工作管理模块，样点样品、指标阈值等数据储存模块，数据分类分析汇总模块等。
制作底图。利用1:5万2000坐标系二普土壤图、1:1万2000坐标系国土三调土地利用现状图（2019年12月31日）、地形图、行政区划图等资料，统一制作满足不同层级使用的土壤三普工作底图。
组织开展试点。统筹推进省级、县级试点工作。通过试点，总结工作经验，完善技术规程，探索工作机制。
组织外业调查采样。调查采样队依据统一规划样点，开展外业实地调查和采样，实时在线填报相关信息，按相关规范科学储运、分发样品至测试单位和样品保存单位。
开展内业测试化验。检测机构按照统一检测标准、检测方法，开展样品测试化验，实时在线填报测试结果。 形成普查成果。相关部门负责构建数据库，开展范围内普查数据的校核和整理，采用数字土壤模型方法分析制图。各省负责本区域内普查数据的校核、补充完善、整理分析和制图。撰写普查报告，整理共享数据，绘制图件，建立土壤样品库。
仅开展的土壤生物调查，具体由土壤普查办委托相关单位组织实施，并按照《土壤生物调查技术规范》执行。8.1土壤生物调查任务8.1.1调查对象
（1）土壤动物：包括土壤线虫、蚯蚓2种典型土壤动物；
（2）土壤微生物：包括主要优势菌株、土壤微生物生物量、典型土壤酶活性与土壤呼吸速率。
8.1.2调查内容
（1）土壤动物种类、数量与分布；
（2）土壤微生物优势种类与分布；
（3）典型土壤酶活性与土壤呼吸速率；
（4）土壤生物的资源收集与保存（样本、优势菌等）。8.2样点布设与采样测试8.2.1样点布设
在已布设的剖面样或表层样点中，选择出典型土壤的生物调查样点，并遵循生物气候分区控制，农用地主导、兼顾其他用地类型的样点布设原则。
8.2.2外业采样工具准备
除了常用土壤采样工具外，需准备塑料镊子、冰袋、小型冷藏箱、以及土壤生物保存溶液等。
8.2.3调查采样与保存运输
外业采集的土壤蚯蚓，保存在土壤生物保存溶液中；采集的土壤鲜样（测定线虫与土壤微生物）混合后装袋。土壤生物样品外业采集后，装入低温保存箱，尽快低温运输至相关土壤生物测试实验室。
8.2.4测试指标与方法
8.2.4.1 土壤动物：土壤线虫、蚯蚓的形态与分子生物学。
8.2.4.2 土壤微生物：土壤微生物生物量(C、N)、土壤微生物多样性（土壤优势菌株、细菌与真菌的丰度与多样、功能微生物的宏组）、土壤生物活性（酶活性、诱导呼吸速率）。
相关生物调查与测试信息及时填报土壤普查工作平台系统。8.3生物调查的成果汇总8.3.1建立土壤生物调查数据库
结合传统分类学方法与分子生物学手段，基于我国典型土壤的动物、微生物与酶活性检测数据及其相关环境参数等，建立土壤生物库。
8.3.2撰写土壤生物调查报告
整理分析土壤生物调查的数据，撰写和提交土壤生物调查总结报告、土壤质量和土壤健康的生物学评价报告。
样点现场确认外业调查采样队根据统一规划布设样点的目标导航，到达预布设目标样点区域后，在“电子围栏”范围内确定样点点位（中心点），并填报确认样点的经纬度。
如果预布设样点的土地已非农用化、土壤受到重大破坏等原因，失去了代表性，可根据周边的土地利用类型等，重新布设有代表性的样点，并按《土壤外业调查与采样技术规范》的要求，完成样点的变更工作。6.3.2样点调查信息与填报调查样点区域的成土条件、土壤利用等信息，填报“调查采样APP”。所有样点调查的指标见附表1-1；剖面样点除调查附表1-1信息外，还需调查附表1-2的信息。