除人工清洗外，船舶还可以通过添加剂逐步清洗HSFO油舱和燃料系统中的沉淀物和沥青质污泥，这种方法相对安全且简单，可以为船舶节省很多时间成本和经济成本。由于清洗油舱所以污水含有色度，所以洗舱污水在处理时就需要用到水处理药剂-脱色剂。指南中重要的一个技术环节就是关于船舶在开始使用含硫量低于0.50%m/m的合规燃油前的燃油舱清洗问题。
清洗过程中也可以同时检查油舱结构、加热系统以及进行压力测试等。限硫令生效后，预计大多数船舶将使用含硫量低于0.50%的馏分燃料，但是目前大部分船舶一直在使用高粘度高硫燃料油。如果船舶在船坞中仅仅清洗了燃油舱，而没有进行管路冲洗，船舶在接收完合规燃油后仍需要2-5天的时间来冲洗燃油系统管路以达到排放要求。
提前预订添加剂，并确保计划执行燃油舱清洁的轮机长和轮机员知道如何正确使用添加剂。与租家及时沟通，为聘请工程队清洗合理安排好船期。如果船舶在营运过程中安排人工清洗油舱，船长应首先考虑到人员进入密闭舱室的安全问题。定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞彻底检查和清洗，短期内安排全球所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。