冷冻式干燥机应安装在环境温度为2-45℃，四周通风良好，空气洁净的建筑物内；特别是避免空气中含有腐蚀类成份（如氨）。当室内机房通风条件不良时，需在机房内安装换气排风设备。
冷干机与空压机之间至少有4-5米的距离，以防止空压机产生的振动影响冷干机正常运行。
风冷型冷干机的进风口与墙体距离1.5m以上，两台干燥机的进风口与排风口不能面对面。冷干机四周应留有一定的空间，以方便维修和日常维护。
过滤器滤芯是过滤器的心脏，顾名思义为滤芯。滤芯的主要也是过滤器的主要原理，是为了净化原生态的资源和资源的再利用，而需要的净化设备，他们的区别是冷干机是通过冷媒压缩机冷凝水蒸气，之后再将空气回温来达到降低相对湿度的目的；过滤器是通过滤芯精密的空间网状结构滤除固体尘埃和液体的水分、油滴颗粒。 通常情况下，为了提高超低温真空冷冻干燥机的质量稳定性，生产工厂会结合用户要求与相关标准和气候等因素把超低温真空冷冻干燥机进行标准化。
从空压机出来的热而潮湿并含有水份的压缩空气首先经过空气对空气热交换器预冷却;然后经过预冷却的空气，在空气对冷媒热交换器被冷干机的冷冻剂循环回路进一步冷却，水冷式超低温真空冷冻干燥机对环境温度不敏感，不过它对冷却水的要求更高，但水冷式的安装较风冷式复杂；进入21世纪，真空冻干技术凭借其它干燥方法无法比拟的优点，越来越受到人们的青睐，除了在、生物制品、食品、血液制品、活性物质领域得到广泛应用。