木制托盘的缺点也是有比较多的。
其问题主要存在于卫生/洁净度及生产稳定性等方面。
1、二手木托盘还有木材易受潮、发霉、虫蛀，且无法清洗。此外，其表面木屑脱落及螺钉锈蚀的问题也无法克服。
2、由于木材是天然材料，其质量受地域气候等多方面影响，即便是同一批原料，在干湿度、风裂等方面亦难以达到统一标准。
3、木制托盘使用寿命较短，常规使用下周转次数约在200—300次。
木材回收也是垃圾分类的一个细分领域名，不过我觉得这个细分领域名相对来说会更有意义，一是因为木材回收可以再次利用，本身可以产生价值；二是再次利用的木材则可以减少森林的砍伐。木箱包装和木托盘都有自身的一些特点，主要的就是回收来的二手木托盘该怎么处理，该怎么样做保存工作，木箱包装和木托盘回收二次利用的作用很大，所以我们需要提倡这种的环保事业，更多人参加回收木托盘和回收木箱包装的事业中来。
使用中还需要市场观察外表是否有发霉的现象，如果木托盘出现发霉的时候需要及时的解决问题，木托盘的霉变就是因为受潮引起的，平时不要把空闲的木托盘放置在潮湿的环境下。
还需要循环使用减少木托盘的使用浪费现象，由于目前国内木质资源比较紧张，所以在使用木托盘的时候减少浪费现象，木托盘的使用要防止浪费，如果有报废不能使用者可以加工纸箱，增大循环使用效率，木托盘，减少浪费现象。