以菌落原位杂交为例：对分散在若干个琼脂平板上的少数菌落（100-200）进行筛选时，可采用该方法。将这些菌落归并到一个琼脂主平板以及已置于第二个琼脂平板表面的一张纤维素滤膜上。经培养一段时间后，对菌落进行原位裂解。主平板应贮存于4℃直至得到筛选结果。
将少数菌落转移到纤维素滤膜上
（1） 在含有选择性的琼脂平板上放一张纤维素滤膜。
（2） 用无菌牙签将各个菌落先转移至滤膜上，再转移至含有选择性但未放滤膜的琼脂主平板上。应按一定的格子进行划线接种（或打点）。每菌落应分别划线于两个平板的相同位置上。后，在滤膜和主平板上同时划一个含有非重组质粒的菌落。
（3） 倒置平板，于37℃培养至划线的细菌菌落生长到0.5-1.0mm的宽度。
（4） 用已装防水黑色绘图墨水的针头穿透滤膜直至琼脂，在3个以上的不对称位置作标记。在主平板大致相同的位置上也作上标记。
（5） 用Parafilm膜封好主平板，倒置贮放于4℃，直至获得杂交反应的结果。
（6） 裂解细菌，按本段下面所述方法，使释放的DNA结合于纤维素滤膜。
原位杂交是一种非常重要的技术，因为它可以在细胞或组织的自然环境中研究基因表达和调控。它可以帮助科学家们了解基因在特定组织或细胞类型中的作用和功能，以及在疾病发生和发展过程中的变化。此外，这项技术还可以用于检测基因变异和染色体异常，以及监测细胞生长和凋亡。
虽然原位杂交是一项非常有用的技术，但它也有一些限制。首先，探针的特异性可能受到干扰，导致错误的结果。其次，探针的数量和位置可能受到细胞或组织中其他成分的影响。此外，这项技术的操作比较繁琐，需要专门的技术和设备，而且需要大量的实验和对照才能获得可靠的结果。