电容式指纹识别要比光学式的复杂许多，其原理是将压力感测、电容感测、热感测等感测器整合于一块芯片中，当指纹按压芯片表面时，内部电容感测器会根据指纹波峰与波谷而产生的电荷差（或是温差），形成指纹影像，再通过与手机内部的指纹库进行匹配，从而完成指纹识别。电容式指纹识别是利用硅晶元与导电的皮下电解液形成电场，指纹的高低起伏会导致二者之间的压差出现不同的变化，借此可实现准确的指纹测定。在登记过程中，用户需要先采集指纹，然后计算机系统将自动进行特征提取，提取后的特征将作为模板保存在数据库或其他的地方。
在登记过程中，用户需要先采集指纹，然后计算机系统将自动进行特征提取，提取后的特征将作为模板保存在数据库或其他的地方。光学式指纹识别主要包括4个方面功能：指纹模块负责采集指纹图像。数字信号处理器主要把采集到的指纹图像转化为数字信号。有人曾提出用汗腺孔来进行指纹识别，但这种方法要求指纹采集设备要具有非常高的分辨率。所以在实际的系统中没有采用。
尽管指纹识别技术已经进入了民用领域，但是其工作原理其实还是比较复杂的。与人工处理不同，生物识别技术公司不直接存储指纹的图像。然而因为电容式指纹识别拥有体积小、适用性广的优点，已经有越来越多的设备采用电容式指纹识别，未来的主流将是电容式指纹识别。在登记过程中，用户需要先采集指纹，然后计算机系统将自动进行特征提取，提取后的特征将作为模板保存在数据库或其他的地方。
多年来，各生物识别技术公司及其研究机构研究了许多指纹识别算法。中心点和三角点在刑侦系统中普遍使用，而在民用系统中并不常用。但各种识别算法终都归结为在指纹图像上找到并比对指纹的特征。这就是指纹识别技术的基本原理，即采集指纹图像并进行比对指纹特征。从普遍意义上来讲，可以定义指纹的两类特征来进行指纹的验证：总体特征和局部特征。