对方当事人否认该证据的签名系自己所为时，提供书面证据的一方当事人主张的事实仍然处于不明状态，需要其继续履行举证义务、进一步完成举证责任，并通过笔迹鉴定结论证明其主张的事实。因此，当对方当事人否认该证据的签名系自己所为时，应当由提供书面证据的一方当事人提出笔迹鉴定申请并预交鉴定费用。否则，应由提供书面证据的一方当事人承担对己不利的后果。
证据规定第二十五条第二款还特别规定：“对需要鉴定的事项负有举证责任的当事人，在人民的期限内无正当理由不提出鉴定申请或者不预交鉴定费用或者拒不提供相关材料，致使对案件争议的事实无法通过鉴定结论予以认定的，应当对该事实承担举证不能的法律后果。”由此可见，对需要鉴定的事项，应由负有举证责任的当事人通过提出鉴定申请并预交鉴定费用等程序来完成。
一方当事人提供书面证据，认为该书面证据的签名系对方当事人所为，对方当事人否认该证据的签名系自己所为时，这时负有举证责任的当事人仍然为提供书面证据的这一方，而非对方当事人。因为提供书面证据的这方当事人提供的证据尚不足以证明其主张的事实，其主张的事实需要通过鉴定结论予以认定。如果提供书面证据的这方当事人在人民的期限内无正当理由拒不提出鉴定申请