为确保发动机正常工作，延长其使用寿命，发动机发动后必须空负荷运转，热车5至10分钟后方可工作，开始工作前1至2小时内不要高转速及重负荷工作。若发动机发动时出现飞车现象，应迅速切断供油或堵塞进气道使发动机立即熄火。阻力杆高度要根据工作情况随时调整，保持机身水平位臵，以防因发动机倾斜过度，致使发动机润滑不佳而损坏。作业过程中应禁止碰摸各类旋转刀具，避免扎伤，并远离排气管高温区，小心。
为了使微耕机保持性能，新购微耕机必须进行磨合，使用中的微耕机必须进行定期保养与维护。磨合新购的微耕机开始使用时是磨合阶段，油门不能开得太大，发动机必须中速运行（用档耕作），在运转12小时后，趁热机状态卸下发动机曲轴箱的放油螺塞，放出机油，然后再将螺塞拧紧，从注油口加入足量的新机油，同时也更换传动箱的齿轮油，微耕机工作与传动箱的磨损，致使发动机启动困难，油耗增加，马力下降，严重者造成机器损坏。
耕深度调整取出阻力棒销子，改变阻力棒上下连接孔位，就能调整耕作深度，销子穿入阻棒上面的孔，阻力棒降低，耕深就加大，销子穿入下面的孔，阻力棒升高，耕深就减小。有的机器是用螺栓来调整阻力棒的高度，调整时，先松开螺栓，把阻棒调整到需要的位置，再拧紧螺栓即可。选择配套作业机具，根据土壤情况，选择合适的机具冬水田耕作选用水田轮，旱地耕作选用旋耕刀（若地里杂草多而深，应选用割草型机具），旱地改水田，遍用旋耕刀或复合刀，第二遍用水田轮，耕作机具与微耕机动力输出轴的连接处必须（穿好轴销及弹性销）。在安装时要特别注意左右的区别，千万不能装反。