待内壁刷洗完毕后，清洗人员会打开排水阀，或用抽泥沙的水泵将池底的沉淀物直接排到下水道，然后用清水冲洗水箱，并配制消毒液，均匀洒在水箱内壁表面消毒，再用清水将水箱冲洗干净，会冲洗2-3次。整个清洗过程需要2-3小时。每次清洗水箱后，都会将水质样片送到疾控中心等检测单位进行检测，检测水箱里的水的余氯、浊度等指标，确保居民引用水安全。
清洗负责人招集清洗人员及检修人员讲解清洗程序、安全措施、技术要求以及安全注意事项。把燃着的蜡烛放入池底，如不熄灭说明水池内不缺氧。安装36V行灯供水池、水箱内照明用。清洗和检修人员进入池内工作。清洗人员刷洗六面体水池（箱）横、竖各三遍，检修人员对水池（箱）的管道及浮球、水位控制器进行维修。清洗完毕后排尽水池（箱）中的污水，再向水池（箱）内洒漂白精消毒。半小时后，再次进入水池（箱）内冲洗，消毒三次后，清除池底污泥，用潜水泵抽出池中的积水。在清洗水池的同时，另派人检修、清理紧固阀门，清洗过滤网以及检查电气控制线路。检查各种设施正常后，注水入池，取水样到市卫生防疫检测站化验取证。
稍干后用1：20的二氧化氯消毒剂（二氧化氯消毒液每瓶配20公斤水）喷雾消毒并保持30分钟。消毒顺序依次为入孔周围.进水管等水管部分.顶板.壁面.是水池底部。 放进清水并加消。以50～100PPM浸泡30分钟后用水泵抽干。（二氧化氯消毒液每公斤配200-400公斤水）。消毒工作实施两次：一次消毒后，放置30分钟以上进行第二次消毒，再放置30-60分钟。消毒工作完成后，不得再进入蓄水槽内。
二次供给水箱、水池清洗消毒过程：1、在清洗过程关闭进水总阀，关闭水箱、水池之间的连通阀门，开启泄水阀，排空水池、水箱中的水。 让泄水阀门处于开启位置。2、装置36V行灯供水池、水箱内照明用。3、清洗人员进入池内工作 刷洗六面体水池、水箱清洗洁净。4、清洗洁净后停止消毒。５、翻开进水总阀以及水箱、水池之间的连通阀门，再关闭泄水阀，注水入池。６、取水样到市卫生防疫检测站化验取证。