1.MF方法
水分析的典型的MF方法是通过使已知体积的水通过孔径足够小以消除细菌细胞（通常为0.45μm）的无菌膜过滤器来进行的。然后将过滤器无菌地转移到琼脂板的表面或用合适的选择性培养基饱和的吸收垫。允许在过滤器的表面上发育，并且可以直接计数和检查。MF方法快速且易于执行，需要很少的孵化器空间，并且可以处理非常大量的水。在过去30年中两虫检测系统已经成为用于指示生物的水的微生物检查的方法。
2.快速检测方法
虽然微生物水分析的大多数人仍然依赖于传统的培养方法和MF方法。但获得结果所需的时间比较长，对于一些特定的微生物我们可以使用一些快速分析法，比如利用定量PCR（QPCR）技术的方法可以快速检测指示生物菌和特定病原体，尤其是在MF分析法相结合时是快速有效的手段，但检测一些没有活性细胞时数据会偏高。
为什么要这样做“两虫”检测：
首先，便于协调调整水处理方案，水中的两种昆虫越多，就需要进行更多的水中的含量。
第二，保护公众，因为两种昆虫会影响饮酒者的健康，治的费用远高于预防费用；
目前，世界上常用的双虫标准检测方法是美国环境保护总局(USEPA)1999年2月发布的1623种方法，可以同时检测隐孢子虫和贾第鞭毛虫。2005年6月1日，国家建设部正式实施好供水，确保饮用水安全CJ/T贾第鞭毛虫和隐孢子虫的微生物指标添加到206-2005年的城市供水水质标准中，要求限值1/10升水。
由于贾第鞭毛虫和隐孢子虫卵囊和孢囊的表面包裹着一层较厚的囊壁，因此具有非常强的环境抗性。常规消毒工艺的氯浓度不能有效灭活隐孢子虫和贾第鞭毛虫，它们通过水厂构筑物进入供水管网，威胁人们健康。传统检测手段有严重的滞后性，不能及时准确的报告水中有关两虫的信息。
两虫的危害
隐孢子虫和贾第鞭毛虫产生的卵囊和孢囊对环境有很大的抗性，人体只要摄入几个就会生病。
贾第鞭毛虫致病剂量为10~100个活孢囊，隐孢子虫致病剂量仅为1~10个活卵囊。