其中绝大部分为农家就地取材，自行积制的农家肥，还有占少部分的商品肥，充分合理利用有机肥料能增加作物产量、培肥地力、改善农产品品质、提高土壤养分的有效性。
人粪尿碳氮比（C/N）较低，易分解；含氮素较多，腐熟后可作氮肥用，作基肥或追肥均可，宜与磷、钾肥配合施用。但不能与碱性肥料（草木灰、石灰）混用；每次用量不宜过多；旱地应加水稀释，施后复土；水田应结合耕田，浅水匀泼，以免挥发、流失和使作物徒长。忌氯作物不宜用，以免影响品质。
发酵催熟堆腐法
如果当地买不到EM原液，也可以自制发酵催熟粉来代替，采用自制发酵催熟堆腐法进行处理。其方法如下：
（1）发酵催熟粉的制备。准备好所需原料：米糠（稻米糠、小米糠等各种米糠）、油饼（菜籽饼、花生饼、蓖麻饼等）、豆粕（加工豆腐等豆制品后的残渣，无论何种豆类均可）、糖类（各种糖类和含糖物质均可）、泥类或黑炭粉或沸石粉和酵母粉。按米糠14、百分之5、油饼百分之14、0、豆粕百分之13、0、糖类百分之8、0、水百分之50、0和酵母粉百分之0、5的比例配方，先将糖类加于水中，搅拌溶解后，加入米糠、油饼和豆粕，经充分搅拌混合后堆放，在60摄氏度以上的温度下发酵30~50天。然后用黑炭粉或沸石粉按1：1重量的比例，进行掺和稀释，仔细搅拌均匀即成。
制作难点
（1）一种微生物具有提供植物营养功能（如固氮基因等），但不一定能具有分解污染的能力（即分解物质的基因）。要实行基因转移十分困难，还要巨大的投资；
（2）土壤污染物种类很多，现已有105种以上的物质对环境造成了污染。这些污染物结构和化学成分各不相同，所以不可能用105种微生物混合一起来做成制剂。基因转移更难以达到；
（3）生物杀虫剂和生物除莠剂等的原理和差异十分巨大，原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长；
（4）生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后难以成活，而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期。