如果由船员来进行油舱清洗，则每个油舱至少需要4天，考虑到不确定因素，每个舱好计划预留一周时间。油舱在清洗之前需要排空，这段时间也应计算在内，且冲洗船上燃油系统管路还需要1-2天。油舱清洗后的残余物应通过正确方式排放或由港口接收设施处理。如果雇佣工程队轮流清洗，则每个油舱至少需要2天，同样为周全考虑，好为每个油舱预留出4天时间。
清洗方法所用时间是基于航运实践的经验总结，并不一定适用于每一船舶。IMO也表示，船舶为满足0.50%m/m含硫量上限而备舱所需的时间和工作量难以预估。船东需要考虑使用其他的替代方法进行燃油舱和管路的清洗。目前除了进船坞清洗外，还有在营运期间清洗及使用添加剂进行清洗两种办法。进入程序必须遵守国际海事组织第A.1050(27)号决议关于《进入船上密闭舱室的建议案》中的安全措施。
船舶产生的废水主要包括压舱水、洗舱水、舱底水等。其中洗舱水是船舶产生的废水之一，是指船舶上用来清洗油舱。在2015年，IMO实行排放控制区（ECA）内使用0.10%m/m含硫量上限的规则生效后，已经有很多船舶采用添加剂的方式清洗燃油舱成功的案例。除人工清洗外，船舶还可以通过添加剂逐步清洗HSFO油舱和燃料系统中的沉淀物和沥青质污泥，这种方法相对安全且简单，可以为船舶节省很多时间成本和经济成本。
定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞彻底检查和清洗，短期内安排全球所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。指南中重要的一个技术环节就是关于船舶在开始使用含硫量低于0.50%m/m的合规燃油前的燃油舱清洗问题。如果船舶在营运过程中安排人工清洗油舱，船长应首先考虑到人员进入密闭舱室的安全问题。