水源染是“两虫”疾病大的源，后的救治成本远高于提前预防成本，已成为各国需要防控的公共卫生疾病。我国于2006年颁布的《生活饮用水卫生标准》在微生物学指标中增加了“两虫”的检验，对饮用水“两虫”指标进行监测的重要性可见一斑。“两虫”严重威胁着人们的饮用水，水质监测单位面临着严格的考验。
水体中“两虫”的检测方法多为磁分离法和荧光法。磁分离操作过程繁锁、要求手工操作且操作者需十分细心，仪器使用成本高、维护困难，检测难度较大，一定程度上限制了该检测法的实用性及普及性。荧光法借助的荧光显微镜来区分杂质和两虫。
EPA1623方法的操作简介：
“EPA1623方法”是由美国国家环保局制定的用于测定水中隐孢子虫和贾第鞭毛虫的标准方法。概括地说,该方法分为三部。，对水样进行过滤,收集水中的卵囊和孢囊；第二，利用磁分离来纯化过滤样品；第三，对纯化的样品通过荧光显微镜法来检测“两虫”的数量。
水样过滤：
将卵囊、孢囊及其他物质收集在过滤器上。该过滤器可用于实验室批量水样的过滤，也可以用于野外现场水样的过滤。
磁分离：
将离心后含有卵囊和孢囊的沉淀物用纯水混匀，并向其中加入磁分离试剂进行磁分离。其原理是：利用带有特异性的磁珠与样品中的目标产物G/C特异性抗原相结合，在磁场中选择性分离。
IFA 染色 & 镜检：
将卵囊和孢囊在井形载玻片上用磁荧光标记的单性和DAPI溶液着色后，用正置荧光和差分干涉相衬（DIC）显微镜对着色样本进行检测。
水质环境监测的目的就是实现水环境污染治理，水环境监测技术和水环境治理之间存在着密切的联系。而且在进行水环境治理技术之前，必须要经过严格的水质环境监测技术应用，明确水环境治理的方式方法。另外，加强对水质环水环境治理技术的不断研究，积极引入先进的技术和经验，促进我国环境保护的发展。
首先，应根据水样欲检测项目，检测目的来确定水样采样容器、采样方法、采集量、保存方式、采样频率、采样时间等。某些项目的测定，应在现场进行。其次，要全方面考虑水质周边的环境，之后再合理地选择水质检测的位置。