档案文件在整理过程中要注意维护和保持原有的基础
档案文件是在特定的历史、条件、环境、事件背景下形成的，在整理过程中一定要维护和保持，以便未来再现这种历史联系。档案的整理应该充分利用原有的基础，充分重视和利用先前整理的基础，不要轻易的打乱、重整。
例如业务部门或者文书人员整理的顺序、整理的方法，如果仅因为个人感觉已经落伍，就把它重新打乱、重新按照自已的要求来做，像这种观念是不可取的，我们提倡应该充分的重视和利用之前已经整理好的那种已有的这个基础。
档案分类要注意详细划分来规避不利影响
档案进行分类时，通常要求按照产品型号、设备型号、项目编号等进行子类的划分，并根据子类进行整理组成案卷，但在具体整理工作中，时常出现部分文件无法归属于哪个具体的型号或项目的情况，或者文件与几个型号或项目都存在着一定的关联性，这会加大档案组卷难度。档案资料的利用价值，即使属于同一产品、同一设备或同一项目也有所区别，同时也会影响档案资料的保管期限，但在实际整理过程中，档案组卷后，通常会将这些不同保管期限的档案集中管理，并进行装订固化，不仅不利于后期检索利用，同时也对后期档案价值鉴定工作的有序开展造成阻碍。且在档案整理工作中，档案信息著录通常以案卷为著录单位，而未对该卷的每份档案信息逐一进行著录，这样会导致档案信息内容不够明确，对后期档案信息的开发利用造成不利影响。
档案整理主要内容是什么
档案的收集、整理、保管、鉴定、统计还有提供利用的活动，包括：档案收集、档案整理、档案价值鉴定、档案保管、档案编目和档案检索、档案统计、档案编辑和研究、档案提供利用。
这几项的划分只是相对稳定，也有分为基础工作和利用工作两大部分的。由于现代档案管理工作已成为复杂的系统，故也有按多层次进行划分的方法。其档案实体管理和档案信息开发两个子系统，各子系统又下分若干层次的小系统。
档案整理的分类和实用整理步骤
根据所有的档案把不同类别的档案区分开来；鉴别每一份文件的保管期限，相同保管期限、相同类别的档案材料作为一个组卷单位，不同类别、不同保管期限 资料不能混装在同一个档案盒中。排序采用年度一保管期限一分类的方法，同一保管期限的档案资料，同一责任者的档案资料按档案形成的时间先后排序，报告、请示件要同批示、批复一起组件，批复、批示在前，请示报告在后;正件在前、附件在后;正本在前，定稿在后;转发件在前，被转发件在后重大活动资料可装订成册，作为一件。在组卷过程中，去掉 重复的档案材料，同类文件较少的能够立薄卷。